B&W hebben een protocol opgesteld voor het vlaggen in de gemeente. Het is meteen van kracht geworden.

In het protocol wordt een onderscheid gemaakt tussen het vlaggen bij alle gemeentelijke gebouwen (Raadhuis, Servicecentrum en zetel Gemeenteraad) of alleen de hoofdgebouwen. Bij dit laatste valt de zetel van de Gemeenteraad, Huize Swaensteyn in de Voorburgse Herenstraat, af.

Voorts is er nog een aparte regeling voor het gebruik van de oranje wimpel naast de nationale driekleur. Die wimpel wordt alleen gebruikt op de verjaardagen van prinses Beatrix (31 januari), koning Willem Alexander (27 april), koningin Maxima (17 mei) en prinses Amalia (7 december).

Bij alle gemeentelijke gebouwen hangt de Nederlandse vlag op de verjaardag van de koning, op 4 en 5 mei, de laatste zaterdag in juni (Veteranendag) en 15 augustus (einde Tweede Wereldoorlog). Alleen voor het Raadhuis en het Servicecentrum komen daar de verjaardagen van de overige leden van het Koninklijk Huis en 15 december (Koninkrijksdag) bij.

Op 4 en 5 mei wordt er ook gevlagd bij de oorlogsmonumenten in Park Leeuwenbergh, aan de Prins Bernhardlaan en in het Sytwendepark, alsmede bij het Kulturhus in Stompwijk.

Aparte vlagdagen zijn 9 mei (Dag van Europa) en 11 oktober (Coming Out Day). Op de negende hangt de Europese vlag aan alle gemeentelijke gebouwen, op de 11e is dat de regenboogvlag maar die hangt alleen bij het Raadhuis en het Servicecentrum.

Bij overlijden van een lid van B&W, een gemeenteraadslid of een ambtenaar wordt de gemeentelijke vlag half stok opgehangen bij het Raadhuis en het Servicecentrum.